Le Syane est présidé par Joël Baud-Grasset, élu par le Comité syndical, et assisté de 9 Vice-Présidents.

Les orientations et décisions stratégiques sont prises par le Comité syndical qui vote également le budget.

Les 83 membres du Comité sont élus par les 300 délégués des collectivités adhérentes du Syane.

Un Bureau de 26 membres se réunit chaque mois pour prendre les décisions relatives à la commande publique, aux demandes de subventions ou aux conventions.

Des Commissions se réunissent régulièrement pour proposer des évolutions dans le cadre des missions du Syane.